（一）数据预处理：数据转换，选择GLM所需参数、滤波（filter）、去漂移（detrend）等，GLM提取beta值并做激活图。
（二）脑内功能连接分析：通过计算通道时域信号间相关，频域无向功能连接（coherence、PLV）等指标，构建对应的功能连接矩阵，绘制功能连接图并统计分析，以及有向指标的统计分析并统计作图，以及基于近红外的复杂脑网络分析，并进行多重比较校正（FWE、FDR、NBS）。
（三）脑间功能连接分析：对近红外扫描数据进行小波相干性计算， 统计分析并做小波相干图，脑与脑之间的有向交互的格兰杰因果计算，统计分析并作图。
（四）其他定制化分析：分形分析、机器学习等。